Treno: da nord, provenendo da Firenze prendere uno dei treni giornalieri per Terontola / Cortona (1 '/ 2 hr.), che hanno la coincidenza con un treno per Assisi / S.Maria degli Angeli (da 45 a 60 min.).
Da sud, provenendo da Roma, prendere uno dei nove treni giornalieri sulla linea di Ancona, fermarsi a Foligno, dove è possibile trasferirsi su un treno verso Perugia (da 10 a 15 min.). In latrenativa prendere uno dei due treni diretti per Assisi da Roma (circa due ore e 15 min.)
Dal piazzale antistante la stazione partono gli autobus (ogni 30 minuti) che giungono in Piazza Matteotti. 

Auto: per chi proviene da sud l'uscita dell'autostrada A1 migliore è Orte, che è legata a Perugia dalla SS204 (direzione Terni) prima, e la E45 (o SS3bis) da Terni a Perugia e poi. In questo caso prima di Perugia, arrivare a Ponte San Giovanni, seguire le indicazioni per Assisi, imboccando la E45, c/o Collestrada sulla SS75. Uscire a Santa Maria degli Angeli e seguire le indicazioni per Assisi.
Venendo da nord sulla A14 sulla costa adriatica, il modo migliore per raggiungere Assisi è uscire dal casello autostradale di Cesena, poi, con la E45 per raggiungere Citta' di Castello, poi arrivati al bivio di Collestrada Lasciare la E45 e prendere la SS75. Uscire a Santa Maria degli Angeli e seguire le indicazioni per raggiungere Assisi.
La miglior uscita per Assisi sull'autostrada A1 è Valdichiana, dove la strada entra nella SS75bis che si affaccia sul Lago Trasimeno in Umbria, prima, e poi a Perugia. Arrivare successivamente Ponte San Giovanni, e procedere verso Assisi, c/o Collestrada sulla SS75, uscire a Santa Maria degli Angeli e seguire le indicazioni per Assisi.